| Track | 曲名 | 補足 | 順位 |
| 08 | オープニングデモ | ||
| 13 | WE ARE THE INNOCENT | オープニングテーマ 歌：佐々木真理 |
第2回マイナーレトロ74位 ゲームソング146位 |
| 07 | タイトル画面 | 「WE ARE THE INNOCENT」のインスト曲 | |
| 03 | FILE SELECT | ||
| 04 | MISSION SELECT 1 | ||
| 05 | MISSION SELECT 2 | ステージクリア後のミッションセレクト画面 | |
| 06 | クロノスの挑戦状 | ||
| 09 | 遺伝子の保存と悲劇 | ||
| 10 | YELLOWBALL 裁判 | ||
| 11 | WHITEBALL 幼少 | ||
| 12 | GREENBALL 会議 | ||
| 02 | I NEVER FORGET MY DREAM | エンディングテーマ 歌：佐々木真理 |
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| 内蔵音源曲 | |||
| BRIEFING | |||
| 発進 | |||
| 沙姫 | 「FILE SELECT」の内蔵音源版 | ||
| リリス | 「MISSION SELECT 1」の内蔵音源版 | ||
| エリアル | 「MISSION SELECT 2」の内蔵音源版 | ||
| 探索 | |||
| 安堵 | 沙姫のシャワーシーン, 沙姫の喫煙, 他 | ||
| 戦闘 | |||
| 危機 | 倉庫04内 リリスの逃亡指示, 火災通路, 他 | ||
| VTR | VTR03 ゴールドの告白, VTR05 ニュース02, VTR07 航海日誌, 他 | ||
| 15年前 | VTR02 ニュース01 視聴後 | ||
| クロノス＝エンハンサー | VTR04 航海経路, 核弾頭の紛失, クロノス博士の挨拶, 他 「クロノスの挑戦状」の内蔵音源版 |
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| MISSION CLEAR | MISSION1・2クリア | ||
| 輸送艇バルハラ | |||
| セキュリティシステム | |||
| 核ミサイル発射カウントダウン | |||
| トーン研究所 | VTR06 ニュース03, トーン研究所, 他 「オープニングデモ」の内蔵音源版 |
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| 写真の真実 | |||
| PLAY HALL | |||
| 沙姫 沙姫に会う | 「WHITEBALL 幼少」の内蔵音源版 | ||
| SECRET AREA | ミッション3のブリーフィング, シークレットエリアへ, 他 | ||
| 沙姫 VS クロノス | |||
| 意志 | クロノス博士と対決後 | ||
| DEBRIEFING | MISSION 3クリア | ||
| GAME OVER | |||
| 未使用曲 | 「WE ARE THE INNOCENT」の内蔵音源版 プログラム内にデータのみ存在 |
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