| 曲名 | 補足 | 順位 |
| MARS MATRIX | タイトル | |
| ARCADE MOVIE | オープニング | |
| SERECT LOOP | セレクト | |
| ARMED SATELLITE PHOBOS | STAGE 1 | |
| DESCENDING TO MARS | STAGE 2 | |
| SURPRISE ATTACK | STAGE 3 | |
| RED SKY | STAGE 4 | |
| TRUE DARKNESS | STAGE 5 | 第2回アーケード47位 |
| FORBIDDEN FRUIT | STAGE 6 | |
| BOSS | ||
| END OF WAR | エンディング | |
| GAME OVER | ||
| DC版追加・変更曲 | ||
| MOSQUITO | 追加オープニングムービー | |
| ARMED SATELLITE PHOBOS / FUMIO REMIX | メニュー Remix：fumio |
|
| END OF WAR / OLD SAMPLER REMIX | ARRANGE MODEエンディング | |
| 『マーズマトリックス&ギガウィング2 オリジナル・サウンドトラック』収録REMIX | ||
| MOSQUITO / EF-303 REMIX | Remix：上西泰史 | |
