| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトル | |||
| スターシップ | |||
| 銀河連邦旗艦 オリンパス | |||
| VS.スペースパイレーツ | |||
| 中ボス戦 | パイレーツコマンド戦など | ||
| VS.バーサーカーロード | |||
| ノリオン基地 | |||
| VS.スペースパイレーツ(スパイアポッド等) | |||
| VS.メタリドリー | |||
| ブリオニアン遺跡群 | |||
| 東ブリオニアン遺跡 | |||
| ソーンジャングル | |||
| VS.コラック&ライダーパイレーツ | |||
| ランダス | VS.ランダス 曲名は「Samus Archives」より |
第2回151位 第3回475位 第5回402位 第6回510位 第7回954位 第8回578位 2008年19位 第2回任天堂99位 冬・雪・氷92位 | |
| シード | |||
| VS.モゲナー | |||
| スカイタウン | |||
| VS.スチームロード | |||
| VS.ディフェンスドローン | |||
| VS.ゴア | |||
| 惑星ブリオ(凍土) | メトロイドプライムのアイスバレイのアレンジ | ||
| メトロイド研究所 | |||
| VS.ヘリオス | |||
| 惑星ウルトラガス | |||
| VS.フェイゾンメトロイド | メトロイドプライムのチョウゾゴースト戦 | ||
| ガンドレイダ | VS.ガンドレイダ 曲名は「Samus Archives」より |
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| VS.オメガリドリー | |||
| 銀河連邦戦艦ヴァルハラ | |||
| 惑星フェイザ | |||
| VS.ダークサムス | |||
| VS.オーロラユニット313 | |||
| VS.オーロラユニット313(ヘッド) | |||
| エンディング | エンドムービー | ||
| メトロイドプライム3 コラプション | スタッフロール 曲名は「Samus Archives」より |
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| レコード・オブ・ザ・サムス | プレイ記録 |
