| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Echoes | Vincent Diamante | ||
| The Legend of the Skull Heart | 山根ミチル & Vincent Diamante | オープニング | 第2回オープニング307位 |
| Pedestrians Crossing | Brenton Kossak & Blaine McGurty | タイトル | |
| Pick of the Litter | Brenton Kossak & Blaine McGurty | キャラクターセレクト | |
| In Rapid Succession | Vincent Diamante | ||
| Moonlit Melee | 山根ミチル | New Meridian Stage フィリアのテーマ |
2012年366位 |
| Whiling the Hours Away | Vincent Diamante | ||
| Them's Fightin' Words | Brenton Kossak & Blaine McGurty | ||
| The Fish Man's Dance | 山根ミチル | Little Innsmouth Stage Ms.フォーチュンのテーマ |
第8回993位 |
| An Uncertain Fate | Brenton Kossak & Blaine McGurty | ||
| The Seat of Power | 山根ミチル | Medici Tower Stage セレベラのテーマ |
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| Shenanigans and Goings-Ons | Vincent Diamante | ||
| Paved With Good Intentions | 山根ミチル | Anti-Skullgirl Labs Stage ヴァレンタイン・ピーコックのテーマ |
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| Forgotten Moments | Vincent Diamante | ||
| A Roll of the Dice | Brenton Kossak & Blaine McGurty | ||
| The Lives We Left Behind | 山根ミチル | Maplecrest Stage ペインホイールのテーマ |
第6回790位 2012年273位 ダウンロード84位 |
| Fugue in Three Goddesses | Vincent Diamante | ||
| Dirge of the Divine Trinity | 山根ミチル | Grand Cathedral Stage ダブル・パラソールのテーマ |
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| The Catacombs Below | Vincent Diamante | ||
| Dire Machinations | Vincent Diamante | ||
| Her True Power Revealed | Vincent Diamante | ||
| Skull Heart Arrhythmia | 山根ミチル | ラストバトル | 2012年394位 第2回ラストバトル347位 |
| Daybreak | Vincent Diamante | ||
| A Return to Normalcy | Vincent Diamante | ||
| In a Moment's Time | 作：山根ミチル 歌：Geila Zilkha |
エンディング | |
| Learning One's Craft | 山根ミチル | トレーニングモード | |
| The Lives We Tried to Reclaim | Vincent Diamante | ||
| Hitomi No Kioku (Bonus Track) | 作：山根ミチル 歌：Geila Zilkha |
サントラのボーナストラック 「In a Moment's Time」の日本語版 |
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| 「スカルガールズ アンコール」以降追加曲(サウンドトラック未収録) | |||
| Clear Breeze | 山根ミチル | New Meridian Rooftops Stage スクィグリーのテーマ |
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| Destiny in Her Hands | 山根ミチル | Rooftops Assault Stage | |
| Where Money Flows Like Water | 山根ミチル | River King Casino Stage | |
| Unfinished Business | 山根ミチル | Under the Bridge Stage ビッグバンドのテーマ |
第9回894位 第10回850位 |
| Royal Canopy Waltz | 山根ミチル | Glass Canopy Stage | |
| The Dreams We Left Behind | 作曲：山根ミチル 編曲：Vincent Diamante |
Nightmare Crest Stage 『The Lives We Left Behind』のアレンジ |
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| An Oasis in Time | 山根ミチル | Bath of Tefnut Stage イライザのテーマ |
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| Chamber Below | Vincent Diamante | Gehenna Stage | |
| An Oasis of Blood | 山根ミチル | Bath of Sekhmet Stage | |
| The Crowd Goes Wild | Brenton Kossak & Blaine McGurty | NMO Arena Stage ベオウルフのテーマ |
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| Schmeebop | Brenton Kossak & Blaine McGurty | フクアのテーマ | |
| Going Nowhere Fast | 山根ミチル | Meridian Area Rapid Transit Stage | |
| The Crowd Goes Home | Brenton Kossak & Blaine McGurty | NMO Arena (Empty) Stage 『The Crowd Goes Wild』のアレンジ |
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| In a Moment's Time (Instrumental) | 山根ミチル | 「In a Moment's Time」のインスト版 | |
