| 曲名 | 補足 | 順位 |
| にんてんどうマーク | 起動時ロゴ | |
| ものがたりオルゴール | タイトルデモ | オープニング118位 第2回オープニング35位 癒し219位 第3回任天堂163位 |
| ヨッシーアイランド | タイトル画面 | オープニング212位 スーパーファミコン163位 夏73位 |
| ヨッシースタートデモ | オープニング | |
| れんしゅうコース | ここは ヨッシーアイランド | |
| ゲームスタート | ステージ開始 | |
| おはなばたけ | 地上BGM1(1-1など) | 第2回任天堂127位 マリオ96位 一面68位 |
| ゴール＆スコア | ステージクリア | |
| ちかBGM | 地下・洞窟 | 横スクロール100位 ダンジョン296位 マリオ165位 |
| おしろ＆とりで | 砦・城 スペシャルステージ１・６ ひみつステージ２ | スーパーファミコン148位 ダンジョン262位 |
| カメックのテーマ | ボス戦前イベント | |
| 中ボス | 砦ボス戦 | |
| アスレチック | アスレチック面(1-5など) | 第6回646位 第7回703位 第8回821位 第9回788位 第16回405位 任天堂31位 第2回任天堂45位 第3回任天堂16位 横スクロール22位 スーパーファミコン29位 マリオ33位 1990年代102位 |
| ちじょう | 地上BGM2(1-7など) | マリオ138位 |
| プレイヤーダウン | 落下などでのミス | |
| ゲームオーバー | ||
| ボスのへやのまえ | ボス戦前通路 スペシャルステージ４ | |
| 大ボスBGM | 城ボス戦 6-8ルート3 3-8・5-8ボスのみバトル前演出中にイントロあり |
マリオ144位 |
| 大ボスクリア | 大ボス戦クリアファンファーレ | |
| マップBGM | マップ画面BGM全ステージメドレー （各ワールドをクリアするごとに音が増える） |
フィールド109位 マリオ109位 |
| ボーナスゲーム | ||
| パワフル赤ちゃん | スーパースター ボーナスゾーン ボロドー対戦ミニゲーム | ミニゲーム145位 |
| クッパ | 最終ボス戦 | 第4回321位 第6回594位 第7回797位 第8回471位 第9回715位 任天堂68位 第2回任天堂46位 ラストバトル33位 第2回ラストバトル137位 スーパーファミコン33位 夜331位 マリオ26位 トラウマ132位 1990年代98位 |
| クッパクリア | ||
| ルイージきゅうしゅつ | ||
| エンディング | 第3回453位 エンディング94位 第2回エンディング68位 スーパーファミコン66位 夜216位 泣き曲103位 マリオ50位 1990年代255位 | |
| サントラ未収録(仮曲名) | ||
| 曲名 | 補足 | 順位 |
| おはなばたけ(わたぼー) | ワタボー接触時BGM | |
| アスレチック(わたぼー) | ||
| ちじょう(わたぼー) | ||
| マリオゆうかい | マリオ誘拐ミス時のゲームオーバー画面 | |
| 1あっぷ | 残機増加ジングル | |
| へんしん | モーフィングジングル | |
| あたりファンファーレ | 隠しフラワー出現・ボーナスルーレット当たり・100点獲得ジングル | |
| ワールドクリアファンファーレ | ボスを倒し城を制圧 | |
| 『アドバンス3』追加曲(曲名は暫定) | ||
| オープニング(アドバンス3) | オープニングデモ画面BGM(アドバンス3) | |
| タイトルBGM(アドバンス3) | タイトル画面BGM(アドバンス3) | |
| 完全クリア | 完全クリアジングル | |
| 真エンディング | 真エンディングBGM | |
