| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトル | |||
| プロローグ | オープニング | ||
| ベースキャンプ | |||
| ワールドマップ | ステージセレクト | ||
| ふりだしの草原(First Steppe) | ステージ1 | ||
| VS.強そうなポケモン | 各面通常コースのボス戦 ステージ12-9道中(*1) |
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| 探検結果 | ステージクリア | ||
| モビーとの会話 | ストーリー：進行 | ||
| VS.とても強そうなポケモン | 各面最終コースのボス戦 ステージ12-1～8のボス(*2) |
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| しめり森(Gloomy Grove) | ステージ2 | ||
| ジグザグ川(Backforth Brook) | ステージ3 | ||
| かわき山(Parched Peak) | ステージ4 | ||
| ヘソのほら穴(Belly Button Cave) | ステージ5 | ||
| はりやま原野(Pincushion Plain) | ステージ6 | ||
| うつろ森(Miasma Moor) | ステージ7 | ||
| シジマ台地(Hushed Highlands) | ステージ8 | ||
| あかりの洞くつ(Nightlight Nook) | ステージ9 | ||
| はての海辺(Farside Fjord) | ステージ10 | ||
| ミュウツー復活 | ストーリー：ステージ11出現 | ||
| 伝説の間(Chamber of Legends) | ステージ11 ステージ12：伝説のポケモン戦 |
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| エンディング | スタッフロール | ||
| きぐうの島(Happenstance Island)-草原 | ステージ12-1～8道中(*3) | ||
| きぐうの島-森林 | 同上(*4) | ||
| きぐうの島-水辺 | 同上(*5) | ||
| きぐうの島-高地 | 同上(*6) | ||
| きぐうの島-洞窟 | 同上(*7) |
