| 曲名 | 補足 | 順位 |
| 冥き黎明 | OPムービー時 | |
| STARS OF TEARS (OUT TAKE) | ゲーム未使用曲 | |
| 海と炎の絆 | バルト系イベントなど | |
| おらが村は世界一 | ラハン村 | 町曲124位 |
| 風のうまれる谷 | シタン先生の家周辺、トーラの家 | |
| 遠い約束 | フェイ系イベントなど | 第1回32位 第2回162位 第4回208位 第6回748位 第7回674位 第8回577位 第9回634位 第12回686位 癒し45位 初代PS47位 泣き曲33位 |
| 鋼の巨人 | 戦闘系イベント、バトリング | |
| 黒月の森 | 黒月の森、シャフト内部 | |
| 夢の卵の孵るところ | エリィ系イベントなど | |
| まどろみ（ショートバージョン） | 宿屋 | |
| 熱砂の街ダジル | ダジル | |
| 憧憬 | フィールド | フィールド63位 |
| グラーフ 闇の覇者 | グラーフのテーマ | |
| 導火線 | 脱出系イベントなど | |
| つわものどもが夢のあと | 戦艦ユグドラシルなど | 第2回スクエニ293位 |
| 盗めない宝石 | フェイ&エリィ系イベントなど | 第2回掘り出し85位 癒し188位 ピアノ104位 1990年代158位 |
| アヴェ いにしえの舞 | アヴェ | |
| 侵入 | ダンジョンなど | |
| 死の舞踏 | 通常戦闘 | 通常戦闘曲60位 |
| 暗き眠りに… | ゲームオーバー | |
| やさしい風がうたう | ニサン | 第5回916位 町曲197位 癒し177位 初代PS146位 |
| 傷もてるわれら 光のなかを進まん | ニサン聖堂内、イベントほか | |
| Lost… きしんだ かけら | エリィ系イベントなど | |
| タムズ 海の男の心意気 | タムズ、サンドマンズ島 | |
| 蒼き旅人 | 救出系イベントなど | |
| 悔恨と安らぎの檻にて | 『教会』本部、DISC2語りなど | 第5回603位 初代PS209位 |
| 氷の顎 | ダンジョン・イベントなど | |
| 紅蓮の騎士 | ボス戦 | 第3回319位 第5回473位 第7回739位 第8回711位 スクエニ271位 第2回スクエニ126位 RPGバトル354位 |
| 神無月の人魚 | エメラダのテーマ | |
| 風が呼ぶ、蒼穹のシェバト | シェバト、雪原アジト | 第2回149位 第3回555位 第4回186位 第5回916位 第6回399位 第7回530位 第9回645位 第14回920位 スクエニ124位 第2回スクエニ266位 町曲7位 癒し228位 初代PS96位 1990年代191位 |
| 大空と雲ときみと | チュチュのテーマ | |
| 夜空一杯の星を集めて | マリア系イベントなど | 癒し299位 夜128位 |
| 星の涙、人の想い | 悲しいイベントなど | |
| 飛翔 | ゼプツェンのイベントなど、アハツェン戦 | 第2回64位 第3回38位 第4回33位 第5回33位 第6回95位 第7回65位 第8回119位 第9回165位 第10回209位 第11回230位 第12回167位 第13回552位 第14回600位 第15回625位 スクエニ56位 第2回スクエニ82位 RPGバトル210位 初代PS19位 1990年代31位 |
| 翼 | ユグドラシル飛行時 | フィールド385位 |
| 天上の楽園ソラリス | ソラリス | |
| まどろみ（ロングバージョン） | カードゲーム勝利時 | |
| 引き裂かれしもの | イド系イベント、キスレブ(DISC2)など | |
| 祈り、人の望みの喜びよ | ガゼル法院対面イベントなど | |
| 予感 | バベルタワー・ラスダンなど | ダンジョン119位 |
| 覚醒 | デウス戦 | 第3回105位 スクエニ271位 ラストバトル84位 第2回ラストバトル231位 初代PS164位 |
| 神に牙むくもの | ウロボロス戦 | ラストバトル348位 第2回ラストバトル264位 |
| 最先と最後（いやさきといやはて） | エンディングムービー時 作詞：高橋哲哉 |
ゲームソング295位 |
| SMALL TWO OF PIECES ～軋んだ破片（かけら）～ | エンディング：スタッフロール 作詞：加藤正人 歌：Joanne Hogg |
第2回203位 第3回340位 第4回609位 第5回415位 第7回953位 第8回875位 第9回731位 第10回510位 スクエニ159位 ゲームソング31位 第2回ゲームソング136位 第3回ゲームソング299位 エンディング217位 第2回エンディング74位 1990年代121位 |
