| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトルメニュー | |||
| 我が名は…… | 名前入力 | ||
| 王宮 | |||
| アメンポテフの都 その1 | |||
| デッキ編成 | |||
| VS.村人 | シモン・ムーラン&アンズ&ジョーノ& 村人1＆村人2＆村人3戦 |
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| モンスターバトル(古代編) | |||
| デュエルデータ | |||
| デュエル場・カード屋 | |||
| 神官の行進 | |||
| VS.セト | セト戦 | KONAMI43位 初代PS196位 アレンジ147位 | |
| ヘイシーンのテーマ | |||
| セトのテーマ | |||
| VS.ヘイシーン | ヘイシーン戦 | ||
| パズルを砕く時 | |||
| 千年パズルの世界 | |||
| フリーデュエル | |||
| VS.フリーデュエル | |||
| カード図書館 | |||
| オプション・パスワード | |||
| 遊戯と城之内 | |||
| DM世界大会・開会式 | |||
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| 対決！世界大会・予選リーグ | |||
| VS.世界大会・予選リーグ | 竜崎・羽蛾・舞・キース戦 | ||
| モンスターバトル(現代編) | |||
| 対決！世界大会・決勝トーナメント | |||
| VS.世界大会・決勝トーナメント | シャーディ・闇獏良・ペガサス・石津戦 | 第2回掘り出し78位 | |
| 対決！海馬瀬人 | |||
| VS.海馬瀬人 | 海馬瀬人戦 | ||
| モンスターバトル(海馬瀬人) | |||
| 光の神殿 | |||
| アメンポテフの都 その2 | |||
| 王家の谷 | |||
| 封印の遺跡 | |||
| 海の神殿 | |||
| 砂漠の神殿 | |||
| 山の神殿 | |||
| 森の神殿 | |||
| 草原の神殿 | |||
| VS.神官兵 | 神殿の神官兵戦 | ||
| VS.大神官 | 神殿の大神官戦 | ||
| 巨大神殿 | |||
| 闇神殿 | |||
| カード魔神のテーマ | |||
| VS.カード魔神 | カード魔神戦 | ||
| モンスターバトル(カード魔神) | |||
| 遊戯王 | エピローグ | ||
| エンディング | スタッフロール |
