| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 忍転身！ | 石村睦 | ||
| 黒影様に捧ぐ | 石村睦 | 雪泉のテーマ 原曲1：モーツァルト 『レクイエム』より『怒りの日』 原曲2：ベートーヴェン ピアノソナタ第8番『悲愴』-第三楽章 |
2013年188位 |
| お面の令嬢 | 石村睦 | 叢のテーマ 原曲：プロコフィエフ 『スキタイ組曲《アラとロリー》』より 第二楽章『邪神チュジボーグと魔界の悪鬼の踊り』 |
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| 自由の花吹雪 | 石村睦 | 夜桜のテーマ 原曲：ベートーヴェン ピアノソナタ第14番『月光』-第一楽章 |
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| イガイト・マジ | 石村睦 | 四季のテーマ 原曲：ヴィヴァルディ 『四季』より協奏曲第4番『冬』-第一楽章 |
2013年240位 アレンジ240位 |
| 遊ぶのっ！ | 石村睦 | 美野里のテーマ 原曲：チャイコフスキー 『くるみ割り人形』より『ロシアの踊り』 |
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| 桜花爛漫 | 石村睦 | ||
| 半蔵流を背負う | 石村睦 | 飛鳥のテーマ | |
| 飛燕使いの器 | 石村睦 | 斑鳩のテーマ | |
| 父のため母のため | 石村睦 | 葛城のテーマ | |
| 悲しみのリボン | 本山明燮 | 柳生のテーマ | 2013年317位 |
| 華眼のちから | 石村睦 | 雲雀のテーマ | |
| 牡丹舞う | 石村睦 | ||
| 道元に誓う | 本山明燮 | 雅緋のテーマ | |
| 傷への償い | 本山明燮 | 紫のテーマ | 2013年226位 |
| ボクの全て | 本山明燮 | 忌夢のテーマ | |
| 転じた訳 | 本山明燮 | 両備のテーマ | |
| 超★マゾヒズム | 本山明燮 | 両奈のテーマ | 第7回728位 第8回488位 2013年98位 |
| 葵 舞掲げん | 本山明燮 | ||
| 紅い本心 | 本山明燮 | 焔のテーマ | |
| 魂を mo ya shi て | 本山明燮 | 詠のテーマ | 2013年229位 |
| 影に光 | 本山明燮 | 日影のテーマ | |
| 未来と仏麗 | 石村睦 | 未来のテーマ | |
| オトナの遊び | 石村睦 | 春花のテーマ | |
| 曼珠沙華の結晶 | 本山明燮 | ||
| 留まる理由 | 本山明燮 | 大道寺のテーマ | |
| 凛として咲く | 石村睦 | 凛のテーマ | |
| 張り詰めた糸 | 石村睦 | ||
| 戦いの意味 | 本山明燮 | ||
| 少女達の証明 | 石村睦 | ストーリーモード最終戦BGM | |
| 研鑽の証 | 石村睦 | ||
| 月閃集いの間 | 石村睦 | 忍部屋（月閃女学館） | |
| 半蔵集いの間 | 本山明燮 | 忍部屋（半蔵学院） | |
| 蛇女集いの間 | 本山明燮 | 忍部屋（蛇女子学園） | |
| 抜忍の隠れ家 | 本山明燮 | 忍部屋（焔紅蓮隊） | |
| ウフフな話 | 石村睦 | ||
| 覚悟と向き合う | 石村睦 | ||
| 炎に飛び込む | 石村睦 | ||
| あの日あの時…… | 石村睦 | ||
| その先にあるもの | 石村睦 | ||
| お買い物 | 石村睦 | ||
| 合閃落着 | 石村睦 | ||
| 主題歌、挿入歌 | |||
| 華々の覚悟 | 林達志 | オープニングテーマ 歌：原由実、原田ひとみ |
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| 月光 | 林達志 | エンディングテーマ 歌：平田宏美、喜多村英梨 |
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| 乱れ咲き | 林達志 | VS焔・最終戦BGM 歌：原田ひとみ、今井麻美、小林ゆう、水橋かおり、井口裕香 前々作『閃乱カグラ -少女達の真影-』オープニングテーマ |
第2回ゲームソング377位 オープニング212位 |
| 紅蓮の掟目 | 本山明燮 | VS飛鳥・最終戦BGM 歌：喜多村英梨 前作『閃乱カグラ Burst -紅蓮の少女達-』オープニングテーマ |
2012年273位 |
| サウンドトラック未収録曲 | |||
| 忍の心得 | 石村睦 | ||
| 半蔵学院にて | 本山明燮 | ||
| 蛇女子学園にて | 本山明燮 | ||
| 月閃女学館にて | |||
| 試練の道 | 本山明燮 | ||
| 暴れちゃだめだよ商店街 | 石村睦 | ||
| 雪山を行く | 石村睦 | ||
| 砂浜でプルルン！ | 石村睦 | ||
