| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトル | 久石譲 | タイトル画面 | |
| オープニング（宇宙空間） | 久石譲 | オープニングムービー | マイナーレトロ1位 第2回マイナーレトロ32位 オープニング94位 |
| 卍丸のテーマ | 久石譲 | 「オープニング（宇宙空間）」のアレンジver 最終盤フィールド曲 |
第2回263位 第4回570位 第5回721位 マイナーレトロ21位 第2回マイナーレトロ75位 第3回マイナーレトロ32位 |
| 極楽のテーマ | 久石譲 | ||
| カブキのテーマ | 久石譲 | ||
| 絹のテーマ | 久石譲 | ||
| Lマップ(通常版) | 久石譲 | フィールド曲 | 第1回98位 第6回883位 和風153位 フィールド20位 歴代172位 |
| 破滅の確実な歩み | 福田裕彦 | ||
| 根の進撃 | 福田裕彦 | ||
| 鋼鉄域のテーマ | 福田裕彦 | ||
| 殺意 | 福田裕彦 | 鬼怒イベントシーンBGM 久石氏作曲の「絹のテーマ」をベースにしたアレンジ曲 |
|
| ボスバトル | 福田裕彦 | ||
| Lマップ(聖剣有り) | 久石譲 | フィールド曲 (聖剣入手後) | 第4回704位 マイナーレトロ27位 第2回マイナーレトロ75位 和風153位 フィールド174位 |
| 機械獣デデベ | 福田裕彦 | PS2・GC版サントラでは「機会獣デデベ」と誤植 | |
| 魔獣 | 福田裕彦 | ||
| 神への挑戦 | 福田裕彦 | ||
| エンディング | 久石譲 | エンドロール | 第3回410位 エンディング41位 第2回エンディング223位 泣き曲184位 |
| のどかな村 | 福田裕彦 | ||
| 活気あふれる城下町 | 福田裕彦 | ||
| 根の一族に殺された者たちへのレクイエム | 福田裕彦 | ||
| 盆と正月のテーマ | 福田裕彦 | ||
| 世捨て人のテーマ | 福田裕彦 | ||
| 桃源郷 | 福田裕彦 | ||
| 知的静寂 | 福田裕彦 | ||
| 霊験あらたか | 福田裕彦 | ||
| 神聖な空間 | 福田裕彦 | ||
| 激闘 | 福田裕彦 | ||
| 死闘 | 福田裕彦 | ||
| 果てなき戦い | 福田裕彦 | ||
| 静寂の中を進む | 福田裕彦 | ||
| 闇に潜む魔物 | 福田裕彦 | ||
| 邪神崇拝 | 福田裕彦 | ||
| 生き物の腹の中へ | 福田裕彦 | ||
| 死闘の予感 | 福田裕彦 | ||
| 悪の楽園 | 福田裕彦 | ||
| ワタシのんきな宣教師 | 福田裕彦 | ホテイ丸のテーマ | |
| 金,それが人生 | 福田裕彦 | 足下兄弟のテーマ | |
| ナルシストのテーマ | 福田裕彦 | 菊五郎のテーマ | |
| ナルシストの剣舞 | 福田裕彦 | 菊五郎（人型）戦 | |
| 大いなる馬鹿 | 福田裕彦 | マントー戦 | |
| 高速飛行する乗り物 | 福田裕彦 | ||
| 地上軽量級の乗り物 | 福田裕彦 | ||
| 地上中量級の乗り物 | 福田裕彦 | ||
| 地上最量級の乗り物 | 福田裕彦 | ||
| 潜水艦 | 福田裕彦 | ||
| 間抜けな乗り物 | 福田裕彦 | ||
| 聖剣はわが手に | 福田裕彦 | ||
| 暗黒の歴史 | 福田裕彦 | ||
| したたかな女たち | 福田裕彦 | ||
| 商店街 | 福田裕彦 | デバッグモードの曲名は「燃える闘魂」 | |
| 巨大な味方登場 | 福田裕彦 | ||
| 仲間の死を超えて | 福田裕彦 | ||
| 神との別れ | 福田裕彦 | ||
| 武装 | 福田裕彦 | ||
| 魔物の潜む洞窟 | 福田裕彦 | ||
| Extra1 | 福田裕彦 | ||
| Extra2 | 福田裕彦 | ||
| PS2・GC版サウンドトラック追加収録曲 | |||
| 血塗れのヌンチャク野郎 | 福田裕彦 | デューク・ペペのテーマ デバッグモードでの表記は「血塗れのネンチャク野郎」であり、サウンドトラックの曲名は誤植 |
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| 卍丸のテーマ(語り) | 久石譲 | 内蔵音源版の再アレンジ | |
| ジングルコレクション | 福田裕彦 | 以下のジングルのメドレー（曲名はデバッグモードから） 「発見の喜び」 「ジパングがみえてきたジングル」 「敗北」 「爽やかな目覚め」 「成長、そしてみなぎる力」 「敵が襲ってきた／ザコ」 「敵が襲ってきた／ボス」 「勝利とその見返り」 「暗黒ランを斬る」 「浄土の琵琶」 「青葉の笛」 |
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| サウンドトラック未収録（曲名はデバッグモードから） | |||
| 仲間の死を超えて(LOOP) | 福田裕彦 | ||
| 仲間の死を超えて(SHORT) | 福田裕彦 | 未使用曲 | |
| チャルメラ | 福田裕彦 | 福引 | |
| 空飛ぶ太鼓 | 福田裕彦 | 猿回し | |
| 忍び笛 | 福田裕彦 | 天章の笛 | |
| ピンクタイフーン | 福田裕彦 | 菊五郎の移動（仮曲名） | |
| 五重塔 | 福田裕彦 | 菊五郎の変身（仮曲名） | |
| 東京タワー | 福田裕彦 | 歌舞伎の変身（仮曲名） | |
| 発見の喜び（体験版Ver.） | 福田裕彦 | 製品版未使用（仮曲名 体験版のレベルアップジングル） | |
