| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| タイトル | 第2回オープニング123位 | |
| デモ | ||
| 航海日誌を選ぶ | ファイルセレクトで流れる。『ピクミン1』からの流用 | |
| チュートリアル | 最初の洞窟とチャレンジモードの初回で流れる | |
| WORLD MAP | マップ。タイトルはスマブラXで公表されているため正式名称。 新しいマップに行ける時はイントロが追加される 作曲：若井淑 |
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| 成果 | 洞窟リザルト | |
| 今日の記録 | 日没リザルト。『ピクミン1』からの流用 | |
| スタッフロール | ||
| flora and fauna | 図鑑 正式曲名 NINTENDO SOUND SELECTIONに収録されているものはパーカッションなどがゲーム版から変更されている 作曲：若井淑 |
2000年～2007年121位 |
| 2Pバトルメニュー | ||
| チャレンジモードメニュー | ||
| チャレンジモードリザルト | ||
| ハイスコア | 全てのお宝を回収してあるとファンファーレのイントロが追加される。 | |
| ハイスコア(1万ポコ回収後) | ||
| オプション | ||
| おまけ | ||
| 運ぶ、戦う、増える、そして食べられる | ルーイの秘密で流れる。『ピクミン1』のデモムービーからの流用 |
| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| ねむりの谷 | 冬・雪・氷83位 一面138位 | |
| めざめの森 | ||
| まどいの水源 | ||
| のぞみの大地 | ||
| 始まりの洞窟1 | 始まりの洞窟1F 天罰の穴1F |
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| 始まりの洞窟2 | 始まりの洞窟2F 地下の秘密基地1F 辺境の洞窟3F さらいの洞窟1F |
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| 土壌1 | けだものの穴1F デメマダラの王国4F 辺境の洞窟7F 混沌の魔窟3F 夢の穴11F こてしらべの洞窟2F かくしもちの洞窟2F コレクタールーム5F |
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| 休憩エリア | けだものの穴2F 白い花園3F 地下の秘密基地4,8F 辺境の洞窟5F シャワールーム4F 混沌の魔窟5F 百戦錬磨の穴5,8,12F 夢の穴9F (休憩エリア) |
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| 火のエリア | けだものの穴3F クモの根城3F 夢の穴10F (火が多いエリア) コンクリート迷路1F コレクタールーム1F |
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| 土壌2 | けだものの穴4F 地下の温室2F かくしもちの洞窟4F 鼻息の洞窟1F デメマダラの巣窟2,4F |
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| メタル1 | 白い花園1F 地下の秘密基地3,5F ヘビガラスの穴4F 夢の穴4F 鉄人の穴1F |
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| メタル2 | 白い花園2F 地下の秘密基地2,7F 混沌の魔窟2F 夢の穴3,5F 鉄人の穴2F 鼻息の洞窟2F 秘密兵器実験場2Fで若干のメロディ違いverが流れる。 |
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| 土壌3 | 白い花園4F 辺境の洞窟6F デメマダラの王国2F 花園を荒らすもの1F デメマダラの巣窟3F デメマダラの王国3Fで若干のメロディ違いverが流れる。 |
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| コンクリート1 | クモの根城1F 夢の穴7F こてしらべの洞窟1F コンクリート迷路3F コレクタールーム4F 土とんの洞窟1F Switch版ではメロディが流れないバグあり。 |
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| コンクリート2 | クモの根城4F 混沌の魔窟6F 百戦錬磨の穴2F 夢の穴6F 赤の洞窟1F かくしもちの洞窟3F 炎と水の試練場1F 土とんの洞窟2F スナイパールーム1F |
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| コンクリート3 | クモの根城3F 辺境の洞窟4F 混沌の魔窟7F 百戦錬磨の穴3F 夢の穴8F 新参者の試練場1,2F グリーンホール1F かくしもちの洞窟5F コンクリート迷路2F コレクタールーム7F ショイグモの巣1F 倍々ゲームの穴2F |
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| デメマダラの王国 | デメマダラの王国1,5,6F デメマダラの巣窟1,5F |
ダンジョン250位 |
| ヘビガラスの穴 | ヘビガラスの穴1,3,6F たそがれの庭1F ひみつの花園1F |
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| 草地エリア | ヘビガラスの穴2F 百戦錬磨の穴1F 夢の穴1F あのひとの庭1F 三色試練場1F 倍々ゲームの穴1F (平原フロア) |
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| メタル3 | 地下の秘密基地6Fなど 混沌の魔窟1F コレクタールーム3F 秘密兵器実験場1F ヘビガラスの穴5Fで若干のメロディ違いverが流れる。 |
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| 辺境の洞窟 | 辺境の洞窟1,2F 地下の温室1F ワルツのリズム。 |
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| タイル | シャワールーム1,5F 混沌の魔窟8F 百戦錬磨の穴9F 夢の穴13F グリーンホール2F コレクタールーム2,6F 大足の穴1F 炎と水の試練場2F 巨人のトイレ2F 地底警備室1F 倍々ゲームの穴3F どっすん迷路1F (タイルフロア) 3/4拍子。 |
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| 浮遊クラゲのテーマ | シャワールーム2,3,6F 混沌の魔窟9F 夢の穴12F 巨人のトイレ1F 7/4拍子。 |
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| 積木 | 食神の台所1,3,5F 夢の穴2F 神々のおもちゃ箱1F (積み木のおもちゃフロア) |
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| 鉄道の部屋 | 食神の台所2F 神々のおもちゃ箱2F (鉄道のおもちゃフロア) 食神の台所4Fで若干のメロディ違いverが流れる。 |
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| 水中の城 | 水中の城1,2,3,4F | 第16回895位 トラウマ11位 |
| 水浸しの切り株 | 百戦錬磨の穴6F (水と切り株フロア) Switch版ではメロディが流れないバグあり。 |
第5回986位 |
| 巨大生物 | ボス戦 敵の攻撃(4パターン)、攻撃準備、長めの攻撃、防御、踏破時にそれぞれ変化あり。 5/8拍子 |
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| VSアメボウズ | 1～4Fでのアメボウズ戦。 5/4拍子。 |
トラウマ21位 |
| VSアメボウズ2 | 5Fでのアメボウズ戦 ボス戦BGMと同じだが第二形態時のアレンジが加わる 第ニ形態時のフリ払い時に変化あり。 |
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| VSオオパンモドキ | 食神の台所6F 食神のかまど 洞窟BGMと同じ形式。 |
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| VSヘラクレスオオヨロヒグモ | ヘラクレスオオヨロヒグモ戦 所持しているお宝の数でBGMが変わる。 敵の攻撃準備、攻撃(4属性分)、防御、踏破時にそれぞれ変化あり。 |
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| チャレンジモード鍵回収後 | 洞窟BGMと同じ形式。 ルーイがリーダーでもスウィングが発生しない。 |
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| 2Pバトルステージ | さくらんぼ運搬中、戦闘中(対ピクミンorリーダー)、黄色ビー玉3つ回収時にBGMが変化する。 |
| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| 新エリア着陸 | ||
| ピクミンとの再開 | 最初の赤ピクミンを見つけた時 | |
| オニオン発見 | 新しいオニオンを発見した時 | |
| ピクミンとの出会い | 新しいピクミンと出会った時 | |
| ドルフィン初号機 | ドルフィン初号機の説明時 | |
| ルーイの目覚め | ルーイ視点に初めて変更した時 | |
| ミッション成功 | ルーイと再開したときや、ピクミンが最初の扉を破壊した時 | |
| 特別なアイテム発見 | 探検キットやスプレーを発見した時 | |
| リーダーダウン | ||
| ピクミンゼンメツ | ||
| スプレー作成 | 初めて実を10個回収してスプレーになった時 | |
| 初めてのゲキカラスプレー使用 | ||
| 初めての蜜 | ピクミンが初めて蜜を吸う時 | |
| 初めての苦しみ | ピクミンが初めて火や水、毒で苦しむ時 | |
| 洞窟発見 | ||
| 地下突入 | 洞窟に入る時 | |
| 地下到着 | 地下1Fの開始時 | |
| 初めての地下 | 初めて地下内部に侵入した時 | |
| 地下深くへ | 次の階への穴に入った時 | |
| お宝回収 | ||
| お宝回収2 | 地球マップやお宝センサーを回収した時 | |
| 探検キット回収 | ||
| カギ回収 | ||
| アメボウズ発見 | 何かが落ちてくる音→ボス戦のイントロ→短いループ | |
| 洞窟初脱出 | 初めて洞窟から帰還したときのみ | |
| 洞窟脱出 | 道中の間欠泉から帰還する時 | |
| 洞窟踏破 | 最後の階の間欠泉から帰還する時 | |
| 一部借金返済 | 借金を10%返済するごとに地上で流れる | |
| 借金返済 | 借金を100%返済した時、お宝を全て回収した時に地上で流れる | |
| 一日の終わり | その日の探索でお宝を1～14個回収した場合流れる | |
| 一日の終わり(良) | その日の探索でお宝を15個以上回収した場合流れる | |
| 一日の終わり(悪) | その日の探索でお宝を回収しなかった場合流れる | |
| 一日の終わり(壊滅) | ピクミン全滅かリーダー両方ダウンで一日が強制終了した時 | |
| チャレンジモードスタート | ||
| チャレンジモードタイムアップ |
| 曲名 | 作・編曲 | 補足 | 順位 |
| 種のうた | 作詞：友妻タケシ 作曲：中山晋平 編曲：パパダイスケ |
歌：ストロベリー・フラワー | 第3回ゲームソング163位 |
