http://www21.atwiki.jp/shilco/ shilcoを２５６倍楽しむためのwiki ja 2010-02-12T19:53:43+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/2.html *メニュー [[トップページ]] *遊び方 shilco +[[諸注意]] +[[entに侵入しよう]] +[[準備体操]] +[[基本的な遊び方]] +[[基本的な遊び方２]] +[[実践編]] +[[実践編２]] +[[応用編]] +[[応用編２]] blcr +[[説明（原文）]] +[[説明（頑張って理解しようとした版）]] +[[実用編１（基本的な説明）]] +[[実用編２（作ってみよう）]] +[[実用編３（lamを使ってみよう）]] +[[実用編４（姫野ベンチ）]] +[[実用編５（チェックポイント）]] *メモ +[[１０月１３日（メモ、crontab）]] +[[１１月３日（img拡張）]] +[[１１月３日（mpich導入の準備）]] +[[１１月３日（mpich導入の本番）]] +[[１１月５日（台数を増やす）]] +[[１月６日（大掃除をして困った編）]] +[[１月１４日（DomainUでapt-getが使えない編）]] +[[１月１５日（DomainUにnfsを入れる編）]] +[[１月１５日（nfsを起動しようとしたら困った編）]] +[[１月１９日（適当にメモ）]] +[[１月２２日（rsync編）]] +[[１月２３日（svnの使い方編）]] +[[１月３０日（shilcoのmakeが上手くいかない編）]] +[[２月１１日（卒論前にrshが繋がらなくなったら編）]] **リンク //**更新履歴 //#recent(20) &link_editmenu(text=ここを編集) 2010-02-12T19:53:43+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/51.html いよいよ最後のチェックポイントの説明です とりあ、先に使うコマンドの説明でもしときます # ps ax チェックポイントを取るのにプロセスIDが必要なんです ただ、このコマンドだけやと 全てのプロセスが出てきて見にくいから # ps ax | grep bmt みたいに実行ファイル名を指定した方が見やすいと思います # lamcheckpoint -ssi cr blcr -pid $1 見てなんとなく分かると思うけどもチェックポイント用のコマンドです 後ろの$1には止めるプログラムのプロセスIDを入れます # lamrestart -ssi cr blcr -ssi cr_blcr_context_file $1 これもなんとなく見て分かると思うけどリスタート用のコマンドです 後ろの$1には『context.mpirun.プロセスID』を入れます さて、コマンドの解説もほどほどにして実際にやっていこうと思います まず、前段階として puttyを２つ起動させて同じVMに入ります １台目→プログラムの実行 ２台目→止める作業 １台目は特に何も考えずに動かす #ref(check1.png) ２台目で色々で小細工をする #ref(check2.png) 一応、チェックポイントを取るっていっても １台目のを止めるんじゃなくて 途中経過のポイントを取るから １台目の計算は最後まで止まることなく動いてます で、今の問題なのが２台目でリスタートするんはいいんけども 見てもらって分かる通り実行結果が違う・・・ この原因はもうハッキリしてて だいたいの時間を計測するプログラムは スタートする時→スタート時の現在時刻を保存 ゴール時→ゴール時の現在時刻を保存 で、計算したり、表示する時に ゴール時の時間ースタート時の時間＝かかった時間 って感じに計算するから スタート時→午前８時 チェックポイント取って ２時間後にリスタートして ゴール時→午前１０時 やと、計算にかかった時間が２時間になっちゃうんですよね これが少しめんどくさいねなぁ… これを解決するにはプログラムの中身をいじるか パソコン側の設定をどうにかするしかないんけども いつ止めるか分からんものをどうするか今考え中 最終的に時間が関係ないようなプログラムを使って評価を取る予定・・・ これでだいたい使い方は分かってもらえたかな？？ 卒論も書かなアカンしで 少し飛ばしてまとめたから分かりにくいかも・・・ でも、いつか、誰かの役に立てばと思います . . . . . . . . . . 2010-02-12T02:28:54+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/49.html それでは早速lamを使っていくことにします 作ったVMにはrshで繋げるようになってるから おとなしくrshで繋ぐことに # rsh 192.168.1.140 ここで特殊な条件っていうか lamはroot権限じゃ使えへんくて ユーザーで入りなおす必要があるっていう 作ったVMには最初から『lam』っていうアカウント作ってあるから そっちに入ることにします # su lam #ref(lam.png) lamはmpichiほど設定ファイルがなくて 設定するファイルっていったら１つぐらいで そのファイルに下みたく記述するだけです #ref(lam3.png) 一応、mpichiに似せて『lamhosts』にしてあるんけども 実際はファイルの名前はなんでも良くて 別に『lam_test』とか『lam_hosts』でも問題はないです ただ、mpichiに『mpdboot』があるように lamには『lamboot』があって そん時に上の設定ファイルの名前を指定してやる必要があります # lamboot -v lamhosts #ref(lam2.png) 確認する時は # lamnodes で確認してみるといいと思います ってことでサンプルを動かしてみたいと思います サンプルプログラムとして １、hello world ２、姫野ベンチ この２つは初期装備で入ってます ってことで、hello worldでも動かしてみます # mpicc -o hello hello.c -lcr 後ろに付いてる『-lcr』がポイントってか必要なんで忘れないように # mpirun -np 2 hello #ref(lam4.png) 無事にサンプルが動きました ってことで、終了コマンドがあるみたいやから それも参考程度に載せておきます はじめにユーザプロセスやMPIのメッセージを削除。 % lamclean -v 次にLAMデーモンの終了。 % wipe -v lamhosts . . . . . . . . 2010-02-12T02:23:18+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/38.html debianにnfsを入れる作業 apt-getで入れようとしたら パッケージの依存がどうたらこうたらって言われた… パッケージの依存関係は無視してゴリ押しで入れることも可能らしいです でも、そん時は先輩オススメの aptitudeを使ってみることに aptitude -install nfs-common で無事に入りました やから、解決策としては １、apt-getに--force-yesのオプションをつける ２、aptitudeを使う この２つのどっちかでおそらく解決します . . . . . . 2010-02-11T15:59:20+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/3.html **更新履歴 #recent(20) 合計：&counter() 今日：&counter(today) 昨日：&counter(yesterday) トップページの合計：&counter(total, page=トップページ) &link_editmenu2(text=ここを編集) #ref(http://x8.kurushiunai.jp/bin/ll?139524700) #ref(http://x8.kurushiunai.jp/bin/gg?139524700 アクセス解析) 2010-02-10T16:31:23+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/44.html *Dom0での作業 **必要なもの ***全般 - linux-2.6.16.29-xenのソースフォルダ $xensrc/linux-2.6.16.29-xen にあるはず - blcr-($version).tar.gz ***コンパイル - gcc - g++ - ntpl **ntplについて /usr/lib/ntplにあるが，シンボリックリンクlibrt.soが切れていた． /lib/tlsを指しているが，存在しない． これを解決するために，glibcを上書きインストールする． + $ wget http://.../glibc-($version).i686.rpm + # rpm -U --oldpackage --force glibc-($version).i686.rpm これで，/lib/tlsが発生する．最初にない理由は謎 + # cd /usr/lib/nptl + # rm librt.so + # ln -s /lib/tls/librt-2.3.4.so librt.so **工程 + $ tar zxvf blcr-($version).tar.gz + $ cd blcr-($version) + $ ./configure --with-linux=($xensrc)/linux-2.6.16.29-xen + $ make + # make install + # insmod /usr/local/lib/blcr/2.6.16.29-xen/blcr_imports.ko + # insmod /usr/local/lib/blcr/2.6.16.29-xen/blcr.ko ここで，insmodが失敗する場合，実行中のカーネルと，ビルドしたソースフォルダの設定が間違っている可能性がある． + # make check これで，動作テストを行う． *DomUでの作業 **必要なもの ***全般 - linux-2.6.16.29-xenのソースフォルダ Dom0から持ってくる - Dom0:/usr/local/lib/blcr/2.6.16.29-xen/*.ko Dom0から持ってくる - blcr-($version).tar.gz ***コンパイル - gcc - g++ **工程 + $ tar zxvf blcr-($version).tar.gz + $ cd blcr-($version) + $ ./configure --with-linux=/path/to/linux-2.6.16.29-xen + $ make + # make install + /usr/local/lib/blcrを，Dom0から持ってきたものと入れ替える + # insmod /usr/local/lib/blcr/2.6.16.29-xen/blcr_imports.ko + # insmod /usr/local/lib/blcr/2.6.16.29-xen/blcr.ko *動作方法 - 環境変数 LD_LIBRARY_PATHを設定する configureのときの--prefixで設定した値． 設定していないときは，'/usr/local/lib' - コンパイル ドキュメント参照 - 実行 - cr_checkpoint チェックポイントをとる．引数に，対象のプロセスIDを入れる 取ったチェックポイントは，context.($pid)というファイルになる． - cr_restart プログラムを再開する．引数は，context.($pid)ファイル． . . . . . . . . . 2010-02-02T10:51:30+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/50.html どうせなら姫野ベンチも動かそうってことで試してみます #ref(lam5.png) はい、試すだけならすぐに終わります 見てもらったら分かるんけど 『bmt』っていう実行ファイルやねけども このファイルがある状態でmakeすると make: Nothing to be done for `all'. っていう、makeするものはないって言われるけども 別にエラーとかじゃないから . . . . . . . . 2010-02-02T10:51:03+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/1.html *shilcoの遊び方のページへようこそ -ここはshilcoについて書かれたwikiです -どうでもよかってんけども、編集権限は管理人のみにあります -適度に更新していきたいと思います -shilcoの構成的なページは少々お待ちください -個人的メモは読まない -管理者の知識が乏しいので質問には答えれません -よって質問フォームは設置しません -&color(red){編集が途中からダレてるとか言わない} -blcr版は未だに簡単に導入できない・・・ -もう少し簡単に導入できる技を見につけなければ・・・ --------------------------------------------------------------- *shilcoで今できること -作成・起動 -差分作成 -再起動 -初期化 -VMイメージの消去 -VMCの情報表示 --------------------------------------------------------------- *遊び方 +[[諸注意]] +[[entに侵入しよう]] +[[pafeに侵入しよう]] +[[準備体操]] +[[基本的な遊び方]] +[[基本的な遊び方２]] +[[実践編]] +[[実践編２]] +[[応用編]] . . . . . . . . . . . . . . 2010-02-02T08:53:51+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/48.html はい、さっそく作っていきたいと思います まずは、動かすマシーンの設定をします srcディレクトリの中のcluster.hを見ます # vi cluster.h #ref(cluster.png) ちなみに、２月１日現在、pafe15,pafe16は壊れてます 使いたくないマシーンはコメントアウトすると使わなくて済むんけど 今は特に制約もないから動くマシーン全部を指定してます 次に、今動いてるVMCがないかを調べます # ./client info #ref(info3.png) 今回で言えば、今２つのVMCがたっているので そのVMCと名前、IPはずらして設定してください # vi recipe.kuma #ref(recipe3.png) 例としてこんな感じ ちなみにこのrecipeの中の「type」って選択肢やねけども 一応、「basic」、「mpich」、「blcr」の３種類選べるんけども 並列計算するだけなら「blcr」を選んどいていいと思います 後、IPはentとディレクトリを共有したいから 192.168.1.*のアドレスを持たせてください これで準備は終わり あっ、余談っていうか、何個もVMCを作る時の話やねけども recipeをいちいち上書きするのも不便やから 「recipe.kuma」とか「recipe.lam」な感じに 名前分けしてrecipeファイルを置いておくことをオススメします そんでいよいよ起動やねけども # ./client -r recipe.kuma boot #ref(boot5.png) 「blcr」のイメージは容量が大きいから 作り終えるまで９０秒ほどかかります これを早いと見るか、遅いと見るかは任せるけど 多分、極端に時間を縮めることは難しいと思います # ./client info #ref(info4.png) 確認するとちゃんとできてます これで起動編を終わります 次はlamを使おう編です . . . . . . . . . 2010-02-02T05:59:37+09:00 http://www21.atwiki.jp/shilco/pages/16.html さて、これから遊ぶわけですが 今さら説明は不要やと思いますが、最低限の cdとかlsとかぐらいは使えるやんなぁ？？ え？　使えない？ そんなあなたには　つ「ググれカス」 最低限のコマンドが使える人は遊んでいってください(*´ω｀*) ちなみにっていうか、主に移動したりするんは/optの直下だけです。 そんでもって、/optの下はnfsでmountしてるから Xenが入ってるpafeで共有されてます(=゜ω゜)ノ 意味が分からない？？ そんなあなたには(ry さて、そんでは体操を終わったことやし遊びましょう(人´∀`*) 見ちゃ嫌(*ノωノ)→[[基本的な遊び方]] blcrの実用編→[[実用編１（基本的な説明）]] . . . . . . . . . . . . . . . . 2010-02-01T23:24:56+09:00