| No. | 曲名 | 作・編曲者 | シナリオ | 補足 | 順位 |
| - | ときとやみをめぐる ぼうけん | 時/闇の探検隊オープニング | |||
| 1 | ポケモンたんけんたいのテーマ | 空の探検隊オープニング | オープニング181位 第2回オープニング75位 | ||
| 2 | トップメニュー | ||||
| 3 | ようこそ！ ポケモンたちのせかいへ！ | メインストーリー Chapter-1～ Chapter-Final |
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| 4 | ゆうぐれのかいがんで | ||||
| 5 | かいがんのどうくつ | ||||
| 6 | おくそこに ひそむもの | ||||
| 7 | タイトルキャッチ | ||||
| 8 | プクリンのギルド | ||||
| 9 | おやかたプクリン | ||||
| 10 | おやすみなさい | ||||
| 11 | プクリンのギルド ライトアレンジ | ||||
| 12 | しめったいわば | ||||
| 13 | いらいクリア！ | ||||
| 14 | トレジャータウン | 町曲28位 ポケモン257位 | |||
| 15 | ほのぼの | ||||
| 16 | わきあがるふあん | ||||
| 17 | たいへんだ！ | ||||
| 18 | トゲトゲやま | ||||
| 19 | ボスバトル！ | ||||
| 20 | ときのはぐるま ライトアレンジ | ||||
| 21 | みはりばん | ||||
| 22 | おたずねものだ！ | NDS300位 | |||
| 23 | また なにかみえた…… | ||||
| 24 | たきつぼのどうくつ | ||||
| 25 | カクレオンのおみせ | ||||
| 26 | ドクローズ | ||||
| 27 | パッチールのカフェ | 空の探検隊のみ | |||
| 28 | ルンパッパダンス | ||||
| 29 | リンゴのもり | メインストーリー Chapter-1～ Chapter-Final |
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| 30 | えんがんのいわば | ポケモン480位 | |||
| 31 | よこあなと よこみち | ||||
| 32 | ツノやま | ||||
| 33 | のうむのもり | ||||
| 34 | ねっすいのどうくつ | ||||
| 35 | ねっすいのどうくつ さいじょうぶ | ポケモン480位 | |||
| 36 | エレキへいげん | ||||
| 37 | エレキへいげん おくち | ||||
| 38 | モンスターハウスだ！ | ||||
| 39 | せまるきょうふ | ||||
| 40 | きたのさばく | 第2回掘り出し90位 ポケモン504位 | |||
| 41 | りゅうさのどうくつ | ポケモン454位 | |||
| 42 | りゅうさのどうくつ さいしんぶ | ||||
| 43 | すいしょうのどうくつ | 時闇と空でバックに流れる楽器が異なる | |||
| 44 | だいすいしょうのみち | ||||
| 45 | いちにちの おわりに | ||||
| 46 | みらいせかいで | ||||
| 47 | ほしのていし | ||||
| 48 | くうかんのどうくつ | ||||
| 49 | くらやみのおか | ||||
| 50 | ふういんのいわば | ||||
| 51 | ふういんのいわば さいおうぶ | ||||
| 52 | くろのもり | ダンジョン338位 ポケモン227位 | |||
| 53 | もりのたかだい | ||||
| 54 | あんこくのちから | ||||
| 55 | キザキのもり | ||||
| 56 | いそのどうくつ | ポケモン454位 | |||
| 57 | いそのどうくつ さいしんぶ | ||||
| 58 | まぼろしのだいち | ダンジョン346位 ポケモン166位 | |||
| 59 | まぼろしのだいち おくち | ||||
| 60 | ヨノワールとのたたかい | ポケモン407位 | |||
| 61 | ときのはぐるま | 第2回任天堂127位 ポケモン201位 | |||
| 62 | ときのうみを こえて | ポケモン71位 | |||
| 63 | みらいへ たくされたもの | ポケモン432位 | |||
| 64 | じげんのとう | 本編ラストダンジョン | 第7回812位 第2回任天堂33位 掘り出し1位 ダンジョン18位 ポケモン28位 第2回ポケモン111位 | ||
| 65 | じげんのとう さいじょうぶ | ||||
| 66 | じげんのとう ちょうじょう | ||||
| 67 | やみにそまるもの | ||||
| 68 | けっせん！ディアルガ！ | 本編ラスボス 闇のディアルガ戦 スペシャルエピソード5 闇のディアルガ戦 |
第3回32位 第4回19位 第5回16位 第6回18位 第7回9位 第8回10位 第9回9位 第10回16位 第11回5位 第12回15位 第13回11位 第14回13位 第15回13位 第16回12位 任天堂1位 第2回任天堂2位 第3回任天堂9位 ラストバトル2位 第2回ラストバトル10位 RPGバトル3位 ポケモン1位 第2回ポケモン2位 歴代5位 泣き曲17位 NDS2位 2000年～2007年4位 | ||
| 69 | うごきだしたじかん | ||||
| 70 | ずっと わすれない…… | 第5回782位 第11回625位 第12回589位 第16回991位 エンディング31位 第2回エンディング99位 ポケモン41位 第2回ポケモン79位 泣き曲10位 NDS133位 2000年～2007年235位 | |||
| 71 | いきて かえらなきゃ | ||||
| 72 | はなれていく…… | ||||
| 73 | へいわへのねがい | ||||
| 74 | よみがえるきおく | 空ではイントロが延長 | ポケモン198位(空) NDS181位(空) | ||
| 75 | エンディング イントロ | エンディング55位 第2回エンディング57位 ポケモン330位 泣き曲144位 NDS181位 | |||
| 76 | エンディング | ||||
| 77 | エピローグ | ||||
| 78 | しんぴのもり | メインストーリー エンディング後 |
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| 79 | きょうも がんばろう！ | ポケモン480位 | |||
| 80 | シェイミのさと | 空の探検隊 メインストーリー エンディング後 |
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| 81 | そらのいただき(もり) | ポケモン480位 | |||
| 82 | そらのいただき(どうくつ) | 救助隊「新たなる冒険」のアレンジ | |||
| 83 | そらのいただき(そうげん) | ||||
| 84 | そらのいただき(いわば) | 救助隊「未知の探検」のアレンジ | |||
| 85 | そらのいただき(ゆきやま) | ||||
| 86 | そらのいただき(さいごのみちのり) | ||||
| 87 | ふぶきのしま(きゅうじょたいメドレー) | メインストーリー エンディング後 |
救助隊BGMのメドレー 曲順は「氷雪の霊峰 ⇒ 天空の塔 ⇒ ライメイの山 ⇒ 電磁波の洞窟」の順 |
冬・雪・氷78位 ポケモン253位 | |
| 88 | とざされたうみ | ||||
| 89 | きせきのうみ | ||||
| 90 | ばんにんのどうくつ | ||||
| 91 | でんせつへのちょうせん | 救助隊「最後の戦い (レックウザとの戦い)」のアレンジ | |||
| 92 | かくされたいせき | ||||
| 93 | しゅぎょうのやま | ||||
| 94 | あくむのなか | ||||
| 95 | パルキアしゅうらい！ | ||||
| 96 | やみのかこう | ||||
| 97 | やみのかこう さいしんぶ | ||||
| 98 | ランダムダンジョン1 | ||||
| 99 | ランダムダンジョン2 | 時闇ではガラガラどうじょうのBGMとして採用 | ポケモン300位 | ||
| 100 | ランダムダンジョン3 | いとうけいすけ | 空の探検隊のみ | ||
| 101 | ガラガラどうじょう | 救助隊「マクノシタ訓練所」のアレンジ | |||
| 102 | ペリッパーのしま | ||||
| 103 | おもいやるきもち | 空の探検隊 スペシャルエピソード1 「ビッパのねがいごと」 |
スペシャルエピソード1プロローグ スペシャルエピソード3エンディング |
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| 104 | ゆめのむこう | ||||
| 105 | あやしいくうき | ||||
| 106 | ほしのどうくつ | いとうけいすけ | |||
| 107 | ほしのどうくつ おくち | ||||
| 108 | せいぎのみかた | ||||
| 109 | アンコクのもり | 空の探検隊 スペシャルエピソード2 「てんさいププリン」 |
救助隊「小さな森」のアレンジ | ||
| 110 | たのしいたんけん | ||||
| 111 | ざいほうのいわば | いとうけいすけ | 2009年193位 | ||
| 112 | ざいほうのいわば おくち | ポケモン454位 | |||
| 113 | ウソだ…… | ||||
| 114 | まもりのオーブ | ||||
| 115 | まもりのオーブ(エンディング) | スペシャルエピソード2エンディング | |||
| 116 | げんせんのどうくつ | いとうけいすけ | 空の探検隊 スペシャルエピソード3 「ほんじつのきゃー」 |
救助隊「マグマの地底」のアレンジ | |
| 117 | げんせんのどうくつ かそうぶ | 救助隊「マグマの地底 最下層」のアレンジ | |||
| 118 | げんせんのどうくつ さいしんぶ | 救助隊「マグマの地底 最下層」のアレンジ | |||
| 119 | チャームズさんじょう！ | 空の探検隊 スペシャルエピソード4 「チャームズさんじょう！」 |
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| 120 | みなみのジャングル | いとうけいすけ | 救助隊のともだちエリア さばくで使用されていたBGMのアレンジ | ||
| 121 | きょだいがんせきぐん | 救助隊「ハガネ山」のアレンジ | |||
| 122 | げんえいのいわべや | ||||
| 123 | だいしょうにゅうどう | ||||
| 124 | だいしょうにゅうどう おくち | ||||
| 125 | チャームズのテーマ | スペシャルエピソード4エンディング | ポケモン418位 | ||
| 126 | あらたな いのちのために | 空の探検隊 スペシャルエピソード5 「あんこくのみらいで」 |
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| 127 | こかつのたに | いとうけいすけ | 2009年193位 第2回掘り出し153位 ダンジョン169位 ポケモン249位 | ||
| 128 | くらがりのこうや | 第13回980位 ダンジョン290位 ポケモン98位 NDS370位 | |||
| 129 | くうかんのがんぺき | ||||
| 130 | くらやみのひょうざん | ||||
| 131 | いきるたましい | ||||
| 132 | ひょうちゅうのもり | いとうけいすけ | |||
| 133 | きざまれたほこり | ||||
| 134 | だいひょうざん | ||||
| 135 | だいひょうざん さいじょうぶ | 2009年109位 冬・雪・氷21位 ダンジョン131位 ポケモン227位 | |||
| 136 | あさひのなかで | 第4回649位 第5回415位 第7回925位 2009年193位 エンディング46位 第2回エンディング65位 掘り出し179位 ポケモン40位 第2回ポケモン101位 泣き曲8位 NDS86位 | |||
| 137 | あたらしいせかい | ||||
| 138 | きせきではない | ||||
| 139 | なかまへのおもい | ||||
| 140 | かぜよ！ もしとどくなら | ||||
| 141 | オレたちはいきている！(エンディング) | スペシャルエピソード5エンディング | 2009年164位 第2回エンディング256位 |
