| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 巨神登場デモ （タイトルデモ） | タイトル | ||
| オープニングデモ | オープニングイベント | ||
| 江戸フィールド | はぐれ町などの現代編フィールド | ||
| 江戸万屋・宿屋 | 店 | ||
| 江戸占い屋 | 占い師 | ||
| 江戸大江戸ツーリスト | 大江戸ツーリスト | ||
| 忍者屋敷 | 伊賀忍者屋敷 | 第2回掘り出し115位 一面171位 | |
| カエルボス前 | 防犯モードサスケ登場 | ||
| 2Dボス共通 | ボス戦 | ||
| サスケ・ヤエ参入デモ | サスケ戦後・ヤエ合流時会話シーン | ||
| パニック前の歩き | パニックステージ前会話 | ||
| パニックステージ | |||
| お祭り村 | |||
| 手形屋敷 | じいさんの別荘 | ||
| 重要アイテム取得ファンファーレ | |||
| 道場：ヤエ・ゴエモン・エビス丸修行 | 術習得イベント | ||
| ほら貝取得前 | ほら貝の洞窟 | ||
| ほら貝取得後脱出 | ほら貝の洞窟(ほら貝取得後) | ||
| はぐれ街廃墟 | 破壊されたはぐれ町 | ||
| シスタービスマルのテーマ | |||
| おみつ誘拐・じじい救出デモ | |||
| インパクト乗り込みデモ | 搭乗デモ | ||
| インパクト歩行前～インパクト戦闘中 | 激震インパクトステージ | ||
| 3Dボス共通 | ゴエモンインパクト：ボス戦 | SFC162位 | |
| 未来出現デモ | 未来到着後デモ | ||
| 未来フィールド（エリア1～4） | かがみタウンなどの未来編フィールド | ||
| 未来万屋・宿屋 | 店(未来) | ||
| 未来大江戸ツーリスト | 大江戸ツーリスト(未来) | ||
| 地下婆さん・トンネル内 | 工事現場など | ||
| おみくじ隊登場・だるまボス | おみくじ五兄弟のテーマ だるまさんがころんだ |
||
| 警備メカ・縁の下のジョン | |||
| 牢屋周辺 | ろうごく | ||
| 泥棒猫イベント | |||
| 未来占い屋 | 占い師(未来) | ||
| アジトA （工場） (仮称：うぉーかー工場) |
うぉーかー工場 | 第7回727位 第14回929位 SFC273位 KONAMI188位 和風189位 横スクロール100位 | |
| アジトAサブMUSIC | うぉーかー工場：後半 | ||
| アジトAクリアデモC | |||
| 教会 | |||
| フラフープ鬼イベント | おにろくのテーマ | ||
| アジトB （塔） | からくりタワー | ||
| アジトBサブMUSIC | からくりタワー：後半 | ||
| 手ボス前 | からくり拳のテーマ | ||
| 獅子ボス前ステージ | しし砦 | ||
| 雪山の氷ステージ | ゆきんこ砦 | ||
| アジトC （大浴場） | からくり温泉 | ||
| 宝船ボス | ごくあく たからぶね ごうれむ戦 沙羅曼蛇のボス戦アレンジ |
||
| 未来フィールド （エリア5） | からくりパーク | ||
| 稲妻搬若ボス前ステージ | はんにゃ砦 | ||
| 接近前会話 | ビル突入前会話 | ||
| 建物接近デモ | ビル突入 | ||
| 屋根で重禄兵衛と対面 | 獅子重禄兵衛のテーマ | ||
| 巨神復活デモ | ラストバトル前デモ | ||
| 巨神最終対決 | ラストバトル 前作のインパクトボス戦 |
||
| 歌舞伎ボス対決 | カブキ・フォーエバー戦 | ||
| ゲームオーバー | |||
| おみっちゃん合流 | エンディングイベント1 | ||
| 重禄兵衛改心 | エンディングイベント2 | ||
| スタッフロール | |||
| エピローグ | 帰ってきた物知りじいさん |
