| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| 予感 | 光田康典 | タイトル画面 | |
| クロノ・トリガー | 光田康典 | オープニングデモなど | 第1回34位 第3回215位 第4回180位 第5回473位 第6回181位 第7回243位 第8回104位 第9回235位 第10回308位 第11回269位 第12回170位 第13回596位 第14回327位 第15回445位 第16回301位 スクエニ22位 第2回スクエニ43位 オープニング1位 第2回オープニング1位 ゲーム未収録110位(オーケストラ エクストラ) ゲーム未収録130位(ザ・ブリンク・オブ・タイム) スーパーファミコン72位 歴代107位 1990年代10位 |
| 朝の日ざし | 光田康典 | オープニング | |
| やすらぎの日々 | 光田康典 | 現代：街 | 第4回343位 スクエニ138位 町曲23位 癒し17位 1990年代236位 |
| みどりの思い出 | 光田康典 | 現代：フィールド | フィールド123位 |
| ガルディア王国千年祭 | 光田康典 | リーネ広場 | 町曲68位 |
| ゴンザレスのお歌 | 光田康典 | ゴンザレスとの会話 | |
| 不思議な出来事 | 光田康典 | テレポッド暴走 | |
| 風の憧憬 | 光田康典 | 中世：フィールド | 第1回16位 第2回14位 第3回20位 第4回21位 第5回59位 第6回53位 第7回72位 第8回55位 第9回50位 第10回194位 第11回137位 第12回51位 第13回75位 第14回178位 第15回144位 第16回232位 スクエニ9位 第2回スクエニ3位 フィールド3位 ゲーム未収録180位(クリスマス・コレクションズ) 癒し22位 スーパーファミコン9位 歴代52位 泣き曲64位 1990年代16位 |
| おやすみ | 光田康典 | 宿屋 | |
| 樹海の神秘 | 光田康典 | ガルディアの森 | 第13回461位 第2回スクエニ150位 ゲーム未収録180位(ザ・ブリンク・オブ・タイム) スーパーファミコン201位 ダンジョン30位 |
| 戦い | 光田康典 | 通常戦闘 | 通常戦闘曲33位 |
| ガルディア城～勇気と誇り～ | 光田康典 | ガルディア城 | 町曲94位 |
| んっ！？ | 光田康典 | ||
| マノリア修道院 | 光田康典 | マノリア修道院 | |
| 道行く者へ 祈りを… | 光田康典 | オルガン演奏 | |
| 沈黙の光 | 植松伸夫 | メディーナ村 | |
| ボス・バトル1 | 松枝賀子・植松伸夫 | ボス戦1 | |
| カエルのテーマ | 光田康典 | カエル関連イベント SFCサントラでイントロ追加 |
第2回105位 第3回81位 第4回124位 第5回496位 第6回208位 第7回146位 第8回279位 第9回299位 第10回704位 第12回630位 第14回286位 スクエニ83位 第2回スクエニ70位 スーパーファミコン149位 1990年代249位 |
| ファンファーレ1 | 光田康典 | ルッカのテーマ | |
| 王国裁判 | 光田康典 | 裁判イベント | |
| 隠された事実 | 光田康典 | クロノ収監 | |
| 危機一髪 | 光田康典 | ピンチ | |
| Disc2 | |||
| 荒れ果てた世界 | 光田康典 | 未来：フィールド | 夜331位 トラウマ71位 |
| 過去の謎 | 植松伸夫 | 封印の扉 | |
| 16号廃墟 | 光田康典 | 16号廃墟 | |
| 生きる望みをすてた人々 | 植松伸夫 | アリスドーム | |
| ラヴォスのテーマ | 光田康典 | ラヴォス登場時など | トラウマ28位 |
| 世界最期の日 | 光田康典 | ゲームオーバー | |
| 暴走ロボ軍団ジョニー | 光田康典 | ジョニーとのイベント | |
| バイクチェイス | 植松伸夫 | ジョニーとのレース | ミニゲーム27位 |
| ロボのテーマ | 光田康典 | ロボのテーマ | スクエニ159位 スーパーファミコン239位 |
| 工場跡 | 光田康典 | 工場系ダンジョン | |
| 戦い2 | 光田康典 | SFC,PS版では未使用、DS版にて初出 | |
| ファンファーレ2 | 光田康典 | 重要アイテム入手 | |
| 時の最果て | 光田康典 | 時の最果て | 癒し245位 |
| 愉快なスペッキオ | 光田康典 | スペッキオ戦 | |
| ファンファーレ3 | 光田康典 | 各種カプセル入手 | |
| 地下水道 | 植松伸夫 | 地下水道、デナドロ山、ビネガーの館 水音ありと水音なしの2バージョンがある |
|
| ボス・バトル2 | 光田康典 | グランとリオン戦 アザーラ&ブラックティラノ戦 ルストティラノ戦 サン オブ サン戦 グレートビネガー&スーパーソイソー&スーパーマヨネー戦 ジール（第二形態）戦 ダルトンG戦（DS・スマホ版） しろのかげ戦（DS・スマホ版） あかのかげ&エッグマシン戦（DS・スマホ版） くろのかげ戦（DS・スマホ版） |
スクエニ222位 RPGバトル253位 |
| 原始の山 | 植松伸夫 | 山系ダンジョン | |
| エイラのテーマ | 光田康典 | エイラのテーマ | |
| 風と空と大地のリズム | 光田康典 | 原始：フィールド | |
| 燃えよ！ボボンガ！ | 植松伸夫 | 狩りの森戦闘BGM、エイラとの酒飲み対決 | |
| 魔王城 | 光田康典 | ||
| 錯乱の旋律 | 光田康典 | 魔王城 | |
| 魔王決戦 | 光田康典 | 魔王戦 ジール（第二形態）戦 ※魔王パーティー時のみ& |
第3回117位 第6回391位 第9回496位 第10回785位 第12回899位 第13回656位 第15回950位 スクエニ124位 第2回スクエニ296位 ゲーム未収録64位(Battle SQ) スーパーファミコン34位 RPGバトル57位 |
| Disc3 | |||
| 歌う山 | 光田康典 | SFC,PS版では未使用、DS版の死の山にて初出 | 2008年47位 スクエニ159位 冬・雪・氷68位 |
| ティラン城 | 植松伸夫 | ティラン城 | ダンジョン173位 |
| 夜の底にて | 光田康典 | アザーラ戦後イベント | 夜142位 |
| 時の回廊 | 光田康典 | 古代：フィールド | 第1回4位 第2回16位 第3回25位 第4回42位 第5回14位 第6回19位 第7回21位 第8回57位 第9回73位 第10回139位 第11回142位 第12回81位 第13回112位 第14回143位 第15回141位 第16回85位 スクエニ5位 第2回スクエニ28位 町曲75位 フィールド2位 ゲーム未収録50位(Cafe SQ) ゲーム未収録317位(ザ・ブリンク・オブ・タイム) 癒し8位 スーパーファミコン19位 歴代27位 1990年代3位 |
| ジール宮殿 | 光田康典 | ジールのテーマ | |
| サラのテーマ | 光田康典 | サラ関連イベント | 第4回389位 スクエニ222位 |
| 封印の扉 | 植松伸夫 | 監視者のドーム | |
| 海底神殿 | 光田康典 | 海底神殿 | ダンジョン105位 |
| クロノとマール～遠い約束～ | 光田康典 | クロノ生還イベント | 泣き曲260位 |
| シルバード～時を渡る翼～ | 光田康典 | シルバード搭乗 | フィールド199位 |
| 黒の夢 | 光田康典 | ラストダンジョン | 第6回931位 ダンジョン9位 ピアノ124位 |
| 決意 | 光田康典 | シルバード突入イベント | |
| 世界変革の時 | 光田康典 | ラヴォス(第2形態)戦 夢喰い戦（DS・スマホ版） |
第3回149位 第5回496位 第6回457位 第7回468位 第8回528位 第9回462位 第10回541位 スクエニ124位 第2回スクエニ175位 ラストバトル33位 第2回ラストバトル35位 ゲーム未収録50位(More SQ) ゲーム未収録291位(ザ・ブリンク・オブ・タイム) スーパーファミコン262位 RPGバトル65位 |
| ラストバトル | 光田康典 | ラヴォス(最終形態)戦 | ラストバトル287位 第2回ラストバトル107位 ゲーム未収録291位(ザ・ブリンク・オブ・タイム) |
| 星の祝祭 | 光田康典 | パレード | |
| エピローグ～親しき仲間へ～ | 光田康典 | 仲間との別れ | スクエニ271位 癒し256位 |
| 遥かなる時の彼方へ | 光田康典 | スタッフロール | 第1回18位 第2回136位 第3回41位 第4回30位 第5回47位 第6回104位 第7回91位 第8回216位 第9回156位 第10回165位 第11回157位 第12回135位 第13回44位 第14回132位 第15回162位 第16回370位 スクエニ20位 第2回スクエニ25位 エンディング2位 第2回エンディング2位 癒し167位 スーパーファミコン26位 夜135位 歴代45位 泣き曲16位 1990年代27位 |
| DS版サントラ収録（PS版追加 おまけ楽曲） | |||
| ある晴れた日の出会い | 現行品サントラでは「おまけ2」 | ||
| 散りゆく華 | 現行品サントラでは「おまけ3」 | ||
| 運命へ | 現行品サントラでは「おまけ4」 | ||
| やすらぎ ～想いを超えて～ | 編曲：関戸剛 | PS版スタッフロール PS版サウンドテストでは「休息 ～戦いを終えて～」 DS版サウンドテストでは「やすらぎ 〜想いの向こうに〜」 現行品サントラでは「おまけ1」 |
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| PS/DS版サウンドテスト収録 | |||
| MITSUDA | 光田康典 | 没ジングル（SFCでもデータとしては存在）。サントラ未収録 | |
