| BGM No. | 曲名 | 補足 | 順位 |
| 0 | オープニング | オープニングBGM | |
| 1 | M･R･5 | タイトル画面BGM | |
| 2 | ノスタルジー | エンディング | |
| 3 | モードセレクト | メニュー画面 | |
| 4 | インディケイト | セッティング画面 | |
| 5 | エクスプレイン | メダコンボ確認画面 | |
| 6 | オン ライン | 通信BGM | |
| 7 | STORM CLOUD | エンカウント | |
| 8 | ↑のイントロ無し(SELECTION) | ||
| 9 | Hot Rod | 戦闘曲1(タイトル画面アレンジ) | 通常戦闘曲219位 |
| 10 | Grieve | 戦闘曲2 | |
| 11 | レッツロボトルダンス | 戦闘曲3 | |
| 12 | Riot | 中ボス戦BGM | |
| 13 | Beat The Diamonds | ハードネステン戦BGM | 第3回227位 第5回130位 第6回535位 第7回875位 第8回924位 第10回922位 第11回978位 ゲームボーイ53位 |
| 14 | WIN | 勝利 | |
| 15 | LOSE | 敗北 | |
| 16 | レベルアップ | レベルアップ | |
| 17 | グロウアップ！ | トランスフォーム | |
| 18 | タイムオーバー | 時間切れ | |
| 19 | ゲームオーバー | ゲームオーバー | |
| 20 | 決着 | リーダー機能停止、勝敗決定 | |
| 21 | ホーム | 家・室内全般 | |
| 22 | OH!かいもの | コンビニ | |
| 23 | ティータイム | 喫茶店 | |
| 24 | プレイルーム | プレイルームBGM | |
| 25 | 学校 | 学校BGM | |
| 26 | 協会 | 教会BGM | |
| 27 | メダロットカンパニー | メダロット社 | |
| 28 | INSTITUTE | メダロット研究所 | |
| 29 | メダロッターズ | メダロッターズ・メダロデパートBGM | |
| 30 | すすたけ村 | 村はずれBGM | |
| 31 | 神社 | 神社BGM | |
| 32 | 神の住まう処 | 神木BGM、その他、みずうみの洞窟にも使用 | |
| 33 | すすたけ商店街 | すすたけ商店街BGM | |
| 34 | えどむらさき市 | えどむらさき市BGM | |
| 35 | せいどう学院 | 青銅学院BGM | |
| 36 | すすたけレイク | すすたけレイクBGM | |
| 37 | 温泉街 | 温泉街BGM | |
| 38 | ニュータウン | ニュータウンBGM | |
| 39 | ウォークダウン | 洞窟等・建設現場他 | |
| 40 | 冒険 | 森BGM、その他、ロープウェイ乗り場等 | |
| 41 | 危険地帯 | 樹海、学校裏の滝つぼBGM | |
| 42 | コロシアム | コロシアムBGM | |
| 43 | モニュメント | モニュメントBGM | |
| 44 | アウトロー | 危機、野良メダの家も | |
| 45 | ピンチ | 焦り、以下イベント使用 | |
| 46 | クライム | 企み | |
| 47 | 悲しみ | 悲しみ | |
| 48 | 悪知恵 | ワルガキコンビのテーマ | |
| 49 | 喜び | 喜び | |
| 50 | レッツプレイ | イベント時BGM、遊びイベントなど | |
| 51 | コイシマルのテーマ | コイシマルのテーマ、カバシラ登場時も使われる | |
| 52 | ローカルオフィス | イベント時、村役場の連中 | |
| 53 | オンエアー | イベント時、テレビ放送 | |
| 54 | すすたけレイク | すすたけレイク、湖 | |
| 55 | セレクトたい | セレクト隊、お馴染み | |
| 56 | ヒコオのテーマ | ヒコオのテーマ、イベント、家等にも使用 | |
| 57 | ヤマト・ベニのテーマ | ヤマト、ベニのテーマ | |
| 58 | アサヒのテーマ | アサヒのテーマ | |
| 59 | オサムのテーマ | オサムのテーマ | |
| 60 | サキのテーマ | サキのテーマ | |
| 61 | コノハのテーマ | コノハのテーマ | |
| 62 | バースデー | 誕生日 | |
| 63 | こイヌのワルツ？ | こイヌのワルツ？ | |
| 64 | ステージ開始 | ロボロボステージ開始 | |
| 65 | ロボロボ団危機一髪 | ロボロボ団危機一髪メインBGM | |
| 66 | 成功！ | ステージクリア | |
| 67 | 失敗！ | ゲームオーバー | |
| 68 | ロボロボ団危機一髪_MUTEKI | ロボロボテンポ速い・無敵キャラ出現後 | |
| 69 | ↑イントロ無し | ||
| 70 | おしながき | スタートメニュー、サブメニュー | |
| 71 | ロープウェイ | ロープウェイBGM等 | |
| 72 | メダボール | メダボールテーマBGM | |
| 73 | プレイボール | メダボールメニュー |
