| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| Cadena | 作：阿知波大輔 | オープニングテーマ 歌：山本美禰子 |
ガスト41位 第2回ゲームソング521位 第2回オープニング340位 |
| Cloudy | 作：阿知波大輔 | イベント挿入歌 歌：茶太 |
第2回ガスト133位 |
| Little Crown | 作：柳川和樹 | 人口30000人達成のイベント挿入歌 歌：野見山睦未 |
|
| 錬金少女メルルのうた | 作：阿知波大輔 | ボスバトル（討伐モンスター） 歌：真理絵 Recorder Ver.と選択 |
第5回58位 第6回121位 第7回311位 第8回305位 第9回425位 第11回333位 第13回704位 第14回899位 第15回489位 第16回744位 ガスト7位 第2回ガスト46位 第2回ゲームソング271位 第3回ゲームソング139位 2011年25位 RPGバトル176位 |
| メトロ | 作：柳川和樹 | エンディングテーマ 歌：mao |
第2回ゲームソング284位 エンディング63位 第2回ガスト23位 |
| Disc2 | |||
| メルルのアトリエ | 柳川和樹 | アトリエ 公式サイトBGM3 |
ガスト99位 第2回ガスト28位 第2回掘り出し90位 |
| 宮廷風舞曲 | お城 | ||
| 小さな国の城下街 | 街 | ||
| お使いは十歳から | ショップ | ||
| お酒は二十歳から | 酒場 | ||
| 鍛冶は三十路から | 男の武器屋 | ||
| Oh My Siesta ! | アストリッドの店 | ||
| Forest Dance | 採取地：モヨリの森 | ||
| 私と踊りませんか？ | 採取地：ハンデルの森 | ||
| 私と耕しませんか？ | |||
| 私と収穫しませんか？ | |||
| 砦の下見へ | 採取地：ハルト砦 | ||
| Fort Fanfare ～ I | |||
| Fort Fanfare ～ II | |||
| はいこう！ | 採取地：アールズ国有鉱山 | ||
| 風の咲く山 | 採取地：トロンブ高原 公式サイトBGM1 |
第5回782位 ガスト55位 第2回ガスト140位 2011年69位 フィールド133位 夏170位 | |
| 水源の翠蓋 | 採取地：クエレの森 | ||
| 寂然の宿 | 採取地：モディス旧跡 | ||
| 生ける森にて | 採取地：エントの森 | ||
| 紅く灼けた地へ | 採取地：ヴェルス山 | ||
| 書の闇を泳ぐ者 | 採取地：無限回廊 | ||
| いつものわたし | 公式サイトBGM2 | ||
| 白詰草の栞を挟んだら | |||
| 小首をかしげて ～ その1 | |||
| 小首をかしげて ～ その2 | |||
| ピンツパンツポンコツ | |||
| 小さじ2杯の蜂蜜を | |||
| いつもの工房 | |||
| キケン大好き！ | |||
| いたずらっ娘 | |||
| あーあ… | |||
| アールズ音頭 | エンディング「おとこぶろ」 | ||
| メルルのアトリエ ～ Bad END | エンディング「城での生活」 | ||
| メルルのアトリエ ～ Normal END | それ以外のエンディング | ||
| メルルのアトリエ ～ True END | エンディング「錬金術士！」 | ||
| Cadena ～on orgel | 作：阿知波大輔 編：柳川和樹 |
||
| せんせー、おしえて！ | 柳川和樹 | チュートリアル | |
| 習得しましょ | 錬金レシピ習得中 | ||
| Little Toybox | タイトル | ||
| コッコ3 | 日数の経過 | ||
| これから宜しくね！ | 仲間の加入 | ||
| お宝いただきっ！ | 重要アイテム入手 | ||
| やったね！ | 王国ランクがUP | ||
| 発展したよ！ | 人口が目標達成 | ||
| 建設完了！ | 施設の建設完了 | ||
| 広がる世界 | 採取地の開示 | ||
| 大樹移動中 | エントの森の移動 | ||
| 撃退したよ！ | バトルリザルト | ||
| Disc3 | |||
| わたしの目線で見えるもの ～ その1 | 柳川和樹 | ワールドマップ | |
| わたしの目線で見えるもの ～ その2 | |||
| わたしの目線で見えるもの ～ その3 | フィールド360位 第2回ガスト151位 | ||
| わたしの目線で見えるもの ～ 森 | 採取地 | ||
| わたしの目線で見えるもの ～ 水辺 | |||
| わたしの目線で見えるもの ～ 洞窟 | |||
| わたしの目線で見えるもの ～ 平原 | |||
| おひめさマーチ | 阿知波大輔 | メルルのテーマ | |
| 木陰の花 | ケイナのテーマ | ||
| お父さんは心配症 | デジエのテーマ | ||
| 悩める執事 | ルーフェスのテーマ1 | ||
| 頼れる執事 | ルーフェスのテーマ2 | ||
| 風と砂のアリヴィオ | ライアスのテーマ | ||
| もこもこもんもん | フアナのテーマ | ||
| ひなたぼっこ for meruru | 作：中河健 編：阿知波大輔 |
ロロナ（8歳）のテーマ | |
| おお！お昼寝よ！ for meruru | アストリッドのテーマ | ||
| 錬金少年・少女 for meruru | ホムのテーマ | ||
| 騎士様は無愛想 for meruru | ステルクのテーマ | ||
| アーランドの国王 for meruru | ジオのテーマ | ||
| 困ったときは相談してね for meruru | エスティのテーマ | ||
| 武器屋のおじさん for meruru | ハゲルのテーマ1 | ||
| 毛根岬 for meruru | ハゲルのテーマ2 | ||
| 幽霊少女 for meruru | 作：小林美代子 編：阿知波大輔 |
パメラのテーマ | |
| 潮風 for meruru | 作：柳川和樹 編：阿知波大輔 |
トトリのテーマ | |
| 不器用さんの御心に for meruru | ミミのテーマ | ||
| 何して遊ぼう for meruru | 作：中河健 編：阿知波大輔 |
ジーノのテーマ | |
| 相談されても困っちゃう for meruru | フィリーのテーマ | ||
| 天ヨリ然リ for meruru | 作：柳川和樹 編：阿知波大輔 |
ペーターのテーマ | |
| Estrella | 阿知波大輔 | ノーマルバトル | 第5回526位 第6回582位 第7回769位 ガスト23位 第2回ガスト30位 2011年45位 通常戦闘曲197位 |
| Luna | ノーマルバトル（強敵） マスク・ド・Ｇのテーマ |
ガスト99位 | |
| 錬金少女メルルのうた(Recorder Ver.) | チュートリアル戦 ボスバトル（討伐モンスター） ボーカル版と選択 |
||
| Alcyone | ボスバトル（討伐、下記ボス以外） 他イベント戦など |
第5回245位 ガスト13位 2011年131位 | |
| Double Riddles | ボスバトル（匣の幽霊） | ||
| Astral Blader | ボスバトル（ワイバーン） | 第5回86位 第6回430位 第7回642位 第8回817位 第9回630位 第13回891位 ガスト8位 第2回ガスト117位 2011年38位 | |
| 樹神 | ボスバトル（森の大精霊） | ||
| Gigantic Crimson | ボスバトル（エアトシャッター） | ガスト98位 | |
| Astarte | ボスバトル（無限回廊の管理者） | 第5回233位 ガスト14位 2011年118位 RPGバトル294位 | |
| ケイナFJ：プライドシスター | 必殺技発動時（とどめ演出付き） | ||
| ライアスFJ：フレイムランカー | |||
| ロロナFJ：とっておき3号 | 作：中河健 編：阿知波大輔 |
必殺技発動時（とどめ演出付き） ロロナのアトリエ「Falling, The Star Light」のアレンジ |
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| トトリFJ：ちむコールエンド | 必殺技発動時（とどめ演出付き） トトリのアトリエ「GO GO TOTORI」のアレンジ |
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| ステルクFJ：ガイアブレイク | 阿知波大輔 | 必殺技発動時（とどめ演出付き） | |
| ジオFJ：極・アインツェル | |||
| エスティFJ：ラブリーシャドウ | |||
| ミミFJ：エンゼルホルン | |||
| ジーノFJ：クロスブレイズ | |||
| DLC追加曲 | |||
| pinakes | 柳川和樹 | 採取地：マキナ領域 | |
| Terminus for meruru | 作：中河健 編：阿知波大輔 |
マキナ領域門番：塔の悪魔戦 トトリのアトリエ「Terminus」のアレンジ |
ピアノ151位 |
| Alas de Luz | 阿知波大輔 | マキナ領域最深部ボス：マシーナオブゴッド戦 | 第6回401位 第8回560位 第9回753位 第11回836位 ピアノ118位 RPGバトル327位 |
| フアナFJ：ブッコみパチキ | 必殺技発動時（とどめ演出付き） | ||
| ルーフェスFJ：情熱執事乱舞 | |||
| パメラFJ：ふぁんたずむ | |||
| PSVita版追加曲 | |||
| 17/16 | 下田祐 | 追加ボスバトル | |
| Get Back Rorona | エンディング「お待たせ」 | ||
| PSVita版DLC追加曲 | |||
| 朝霧のピチカート | 阿知波大輔 | 『エスカ&ロジーのアトリエ』より先行収録 | |
| Updraft | 柳川和樹 | ||
| Don't Panic | 下田祐 | ||
| 前作からの収録曲 | |||
| ロロナのアトリエ | アトリエBGMとして設定可能 | ||
| トトリのアトリエ | |||
| Full-Bokko | 通常戦闘曲として設定可能 | ||
| Yellow Zone | |||
| ビジュアルアートブック収録曲 (アーシャのアトリエのBGM追加DLCで使用可能) | |||
| 幕が上がるまで | 柳川和樹 | PV・TV CM使用曲 | |
| 麦畑 | 本編未使用 | ||
| 決意 | |||
| てんやわんや | |||
| 夜の帳 | |||
| 町の痕 | |||
| アールズ一周！ | |||
| かえりみち | 阿知波大輔 | ||
| 燐光 | |||
| 朝焼け | |||
| Nefertiti(Ver.MMXI) | 作：阿知波大輔 編：平松俊紀 |
ガスト44位 | |
